El Undécimo Doctor

El Undécimo Doctor aparece por primera vez en los últimos minutos de El fin del tiempo (2010), cuando su encarnación anterior se regenera. Smith debuta del todo en En el último momento, donde conoce a Amy Pond (Karen Gillan) en su infancia mientras investigan una misteriosa grieta en la pared de su habitación. Amy accede a unirse al Doctor como su acompañante de viaje en la víspera de su matrimonio con Rory Williams. En La victoria de los Daleks, le engañan para crear a una nueva generación de Daleks. En El tiempo de los ángeles / Carne y piedra, se vuelve a encontrar con la futura acompañante River Song, Alex Kingston y con sus enemigos, los Ángeles Llorones, y descubre que las grietas como la de la pared de Amy están borrando a las personas por completo del tiempo y el espacio. Cuando Amy intenta seducir al Doctor, este se lleva a Rory como segundo acompañante a partir de Los vampiros de Venecia hasta Sangre fría, donde es borrado de la historia por una grieta. El Doctor también se enfrenta a su lado oscuro en La elección de Amy, cuando es puesto a prueba por una manifestación de su propio odio, el Señor de los Sueños. En el episodio final La Pandórica se abre y El Big Bang, una fuerza desconocida hace explotar a la TARDIS, causando el colapso de todo el universo. Aunque logra cerrar las grietas, revertir sus efectos y evitar la explosión, el Doctor es borrado de la historia en el proceso. Sin embargo, River ayuda a Amy a recordarlo y traerlo de vuelta a la existencia; regresa el día de su boda con Rory, y la pareja se une a él como sus acompañantes. La siguiente aparición del Doctor es en Death of the Doctor, una historia en dos partes del spin-off de la serie, The Sarah Jane Adventures, junto a las antiguas acompañantes Sarah Jane Smith (Elisabeth Sladen) y Jo Gran, mientras Amy y Rory están de luna de miel.
Posteriormente, en 2011, el Doctor sigue examinando los misterios sin resolver al final de la quinta temporada. En El astronauta imposible / El día de la luna, Amy, Rory y River son testigos del asesinato de una versión futura del Doctor, jurando mantener el secreto con el Doctor del presente, pero Amy se lo dice sin querer en Las casi personas. En la conclusión del episodio, se revela que Amy está embarazada y que ha sido secuestrada por Madame Kovarian . En Un hombre bueno va a la guerra, el Doctor empieza a reclutar a gente que le debe favores a lo largo del espacio y el tiempo para formar un ejército y rescatar a Amy, pero no consigue rescatar a su bebé, Melody Pond. El Doctor también descubre que Melody; a pesar de ser hija de Rory y Amy; es en parte Señora del Tiempo, y que cuando crezca se convertirá en River Song. En Matemos a Hitler, el Doctor se encuentra con una encarnación más joven de River y se entera de que ha sido manipulada por una orden religiosa conocida como "el Silencio" para que le asesine. Esta versión de River mata al Doctor con un beso, antes de que Amy le muestre a su hija que se convertirá en River Song, convenciéndola así de que salve su vida utilizando toda su energía regenerativa restante. El Doctor también descubre las circunstancias de su muerte a través de una base de datos histórica. En El complejo de Dios, el Doctor deja a Amy y Rory en la Tierra cuando se da cuenta de que la adoración de Amy hacia él pone en peligro sus vidas. Pasa algún tiempo antes de que el Doctor esté listo para enfrentarse a la muerte. En La boda de River Song, planea un escape; cuando el Doctor se esconde dentro de un duplicado robótico de sí mismo, y es disparado e incinerado, esto se revela que es el punto fijo en la historia que se había registrado. En una realidad alternativa causada por la resistencia de River a disparar al Doctor, los dos se casan; durante la ceremonia, el Doctor le da a saber su plan y ella le ayuda a fingir su muerte. Entonces el viejo amigo del Doctor, Dorium Maldovar  le avisa de que hay más profecías sobre él, incluyendo la revelación de su nombre, algo que el Silencio había intentado evitar con su muerte.

El Doctor permanece oculto al mundo, pero finalmente contacta con Amy y Rory para seguir viajando. En El poder de tres, la pareja se plantea la idea de elegir entre su vida cotidiana o su vida como acompañantes del Doctor. En Los ángeles toman Manhattan, durante una aventura en New York, los ángeles llorosos envían a Rory a los años treinta, impidiendo al Doctor rescatarlo por una paradoja. Amy elige seguirle y tener una vida junto a su marido en el pasado, por lo que ambos se separan para siempre del Doctor. Éste, abatido, decide retirarse de su vida de viajero del tiempo y se establece en el Londres victoriano junto con sus amigos Vastra, Strax y Jenny, durante el episodio Los hombres de nieve. Allí descubre la existencia de Clara Oswald (Jenna Coleman), una joven que le ayudo en una aventura anterior y que había muerto (El manicomio de los Daleks). Sorprendido, el Doctor vuelve a su actividad para acabar con la amenaza de la Gran Inteligencia pero no puede evitar que Clara muera de nuevo, por lo que inicia una búsqueda por todo el tiempo de esta "chica imposible". Finalmente, en Las campanas de Saint John la encuentra de nuevo en Londres durante el año 2013 y la invita a viajar con ella como su acompañante. Ambos tienen varias aventuras hasta que el camino del Doctor le lleva a Trenzalone durante los eventos de El nombre del Doctor, donde se encuentra enterrado. Allí, la Gran Inteligencia entra en la linea temporal del Doctor que se encuentra en la tumba del Señor del Tiempo para intentar destruirle, pero Clara le sigue y consigue derrotar al malvado ente, esparciendo copias de sí misma por la vida del Doctor. Éste entra también en su linea temporal para rescatar a Clara, que descubre a una encarnación desconocida del Doctor (John Hurt) dentro del limbo donde acaba su viaje.