El Segundo Doctor

El Primer Doctor fue debilitándose progresivamente mientras luchaba contra los Cybermen durante los eventos de The Tenth Planet y eventualmente falleció, aparentemente por ancianidad. Su cuerpo se renovó a sí mismo y se transformó en el Segundo Doctor.
Inicialmente, la relación entre el Segundo Doctor y su predecesor no estaba clara. En su primera historia, el Segundo Doctor se refiere a su predecesor en tercera persona, como si fuera una persona completamente diferente. Sus acompañantes Ben y Polly al principio no están seguros de cómo tratarle, y es sólo cuando un Dalek le reconoce cuando aceptan que él es el Doctor.
En la segunda historia, The Highlanders, Jamie McCrimmon se unió a la tripulación de la TARDIS, y se quedó con el Segundo Doctor por el resto de sus viajes. Ben y Polly se fueron juntos cuando la TARDIS aterrizó en el Aeropuerto de Gatwick el mismo día que se habían ido originalmente con el Primer Doctor. El Doctor y Jaime se vieron después envueltos en una trama de los Daleks para obtener "los factores humanos y Dalek", lo que les llevó a conocer a Victoria Waterfield en el siglo XIX. El Doctor usó la situación para orquestar una guerra civil Dalek que aparentemente destruyó a los Daleks para siempre. Sin embargo, el padre de Victoria fue una de las víctimas. Ahora huérfana, Victoria eligió acompañar al Doctor y Jaime en sus viajes. Aunque sintió gran afecto por el Doctor y Jaime, nunca pudo adaptarse por completo a la vida en la TARDIS y el peligro constante que corrían. Finalmente decidió abandonarles tras los eventos de Fury from the Deep. Al Doctor se le unió entonces Zoe Heriot, una mujer del siglo XXI extremadamente inteligente (aunque demasiado dependiente de la lógica), que les ayudó a detener un ataque Cybermen en una estación espacial conocida como la Rueda. Después se metió como polizona en la TARDIS y, a pesar de las advertencias del Doctor acerca de los peligros que podrían encontrar, decidió quedarse.
Duranto su segunda encarnación, el Doctor se enfrentó a enemigos familiares como los Daleks y los Cybermen, así como a nuevos enemigos como la Gran Inteligancia y los Guerreros de Hielo. Fue durante este tiempo que conoció por primera vez a Alistair Gordon Lethbridge-Stewart, en los túneles del metro de Londres. Después de que la Gran Inteligencia fuera derrotada, Lethbrdige-Stewart fue ascendido a Brigadier y se convirtió en líder de la sección británica de UNIT, una organización militar encargada de investigar y defender el mundo de amenazas extraterrestres. El Doctor volvería a hacer equipo para derrotar una invasión de Cybermen aliados con el industrial Tobias Vaughan.

El tiempo del Segundo Doctor terminó cuando la TARDIS aterrizó en mitad de una guerra, creada por una raza de señores de la guerra alienígenas que poco a poco iban secuestrando y lavando el cerebro de humanos para convertirlos en soldados para ellos. Aunque el Doctor logró detener sus planes, se dio cuenta de que no podría hacer volver a los sujetos humanos a los variados puntos originales de la Tierra de que venían. Así pues, contactó con los Señores del Tiempo, sacrificando así su propia libertad. Fue puesto a juicio por los Señores del Tiempo, por infringir la ley de no interferencia. A pesar del argumento del Doctor de que los Señores del Tiempo deberían usar sus grandes poderes para ayudar a otros, fue sentenciado al exilio en la Tierra del siglo XX. Los Señores del Tiempo forzaron su regeneración en el Tercer Doctor en el proceso. Jamie y Zoe fueron devueltos a su propio tiempo, con sus recuerdos del Doctor borrados salvo el de su primer encuentro, y el secreto de la TARDIS fue también arrebatado del Doctor.