El Sexto Doctor

La regeneración del Sexto Doctor era al principio inestable, y estuvo a punto de estrangular a Peri antes de recuperar la cordura. Dándose cuenta de lo que había estado a punto de hacer, inicialmente consideró entrar una existencia ermitaña en el planeta Titan 3, sólo para verse atrapado en los eventos del planeta Jocanda, tras lo cual continuó sus viajes (The Twin Dilemma). Se encontró con muchos de sus viejos enemigos, incluyendo el Amo, los Daleks, los Cybermen y los Sontarans, e incluso compartió una aventura con el Segundo Doctor. También conoció a una Señora del Tiempo renegada científica, la Rani, que estaba realizando experimentos en humanos usando las protestas ludistas como tapadera.
Después, el Doctor y Peri aterrizaron en el devastado planeta Ravolox, que descubrieron que era la Tierra, que se había movido a través del espacio con consecuencias catastróficas. Antes de que pudieran descubrir la razón de este desastre, la TARDIS aterrizó en Thoros Beta. Lo que pasó allí en realidad no está claro todavía, pero los datos sugieren que Peri fue asesinada tras ser usada cruelmente como sujeto de experimentos de trasplantes de cerebros, y el Doctor fue apartado del tiempo a una estación espacial de los Señores del Tiempo, donde fue puesto a juicio por segunda vez por su propia raza. En realidad, el juicio era una tapadera organizada por el Alto Consejo. Una raza de Andrómeda había robado los secretos de los Señores del Tiempo y se había escondido en la Tierra, así que para protegerse a sí mismos, los Señores del Tiempo habían movido la Tierra en el espacio, quemando la superficie en una masiva bola de fuego, y convirtiéndolo en Ravolox. El fiscal en ese juicio, el Valeyard, mostró que era de un posible futuro, una encarnación diabólica del propio Doctor que había decidido robar las vidas que le quedaban. También había editado las grabaciones de la matriz de los viajes del Doctor. En realidad, Peri había sobrevivido en Thoros Beta. Los eventos del juicio alteraron la línea temporal del Doctor ligeramente, ya que se fue en compañía de Mel, a quien técnicamente aún no había conocido. (Originalmente esto era una idea del entonces productor que tenía planeado explicar en la siguiente temporada).
Los eventos posteriores al juicio no aparecen en la serie de televisión, pero son cubiertos en varios medios derivados, aunque su canonicidad no está clara. En la novela The Time of Your Life, se cuenta que el Doctor se impuso un autoexilio para evitar convertirse en el Valeyard. Fue atraído de nuevo a los viajes, irónicamente por los Señores del Tiempo, y reclutó a Grant Markham como acompañante. Aunque estaba de viaje otra vez, aún evitó conocer a Mel y reclutó a otros acompañantes como la conferenciante de historia Evelyn Smythe y Charley Pollard. Al final se encuentra con Mel por accidente durante los eventos de la novela de BBC Books Business Unusual y acepta su destino una vez que ella se mete de polizona en la TARDIS.

Cuando la TARDIS fue atacada por su vieja enemiga, la Rani, el Sexto Doctor tuvo algún tipo de herida mortal y se regeneró en el Séptimo Doctor; la causa exacta de la regeneración, sin embargo, jamás fue revelada en pantalla. Según la novela de BBC Books Spiral Scratch de Gary Russell, el Sexto Doctor ya estaba muriendo o regenerándose antes de que la Rani capturara la TARDIS. La novela no oficial Time's Champion de Carig Hilton y Chris McKeon da un relato diferente de los eventos que llevaron a la regeneración del Sexto Doctor. Time's Champion, que fue publicada para caridad, dice que los ventos de Spiral Scratch son en realidad la creación de una línea temporal alternativa del Sexto Doctor en su primer acto como el Campeón del Tiempo, para salvar a Mel de la crisis del Dios de los Señores del Tiempo, la Muerte. El Sexto Doctor, a través del circuito telepático de la TARDIS, forza su propia regeneración y dirige la nave hacia Lakertya, iniciando los eventos de Time and the Rani. Las últimas palabras del Sexto Doctor serían "¿Quieres que me convierta en un Dios?" Cuando la novela de los escritores Pip y Jane Barker intentó explicar la regeneración muchos estuvieron descontentos con el resultado. De esta forma ha habido muchas explicaciones para la regeneración. La serie de Virgin New Adventures sugiere que de alguna forma el Séptimo Doctor mató al Sexto para no convertirse en el manipulador y estratega que su regeneración siguiente fue, por su miedo a convertirse en el Valeyard. La novela de BBC Books Spiral Scratch ofrece otra explicación en la que el Sexto Doctor murió como resultado del drenaje de su energía temporal en un enfrentamiento con una poderosa entidad pandimensional antes de ser atacado por el rayo de la Rani