El Noveno Doctor

El Noveno Doctor aparece por primera vez en el episodio Rose donde rescata a la dependienta de 19 años Rose Tyler (Billie Piper) de un ataque de autones en la tienda donde trabaja. Aunque se implica que el Doctor se ha regenerado recientemente, las investigaciones de Rose muestran que ha estado presente en varios momentos de la historia de la Tierra, como el hundimiento del RMS Titanic, la erupción del Krakatoa y el asesinato de John F. Kennedy. Después de que Rose ayude al Doctor a derrotar a la Conciencia Nestene, este la invita a viajar con él en la TARDIS. En su primer viaje, la lleva a ver la destrucción del planeta Tierra en el año cinco mil millones. Se revela que la especie del Doctor, los Señores del Tiempo, ha sido destruida y el Doctor es el último de su especie. Después de esto, visitan Cardiff en 1869, donde encuentran al autor Charles Dickens, del que el Doctor afirma que es un gran fan. Cuando se encuentran en peligro de muerte, el Doctor le dice a Rose que ha sido una alegría haberla conocido. Al llevar a Rose a casa, el Doctor accidentalmente la lleva 12 meses después de que se hayan marchado. Por sus acciones, la madre de Rose, Jackie Tyler  le trata como si fuera un acosador de internet, y el novio de Rose, Mickey Smith  ha sido sospechoso del asesinato de Rose. Después de que Mickey ayude al Doctor y Rose a derrotar a los Slitthen, el Doctor le ofrece a Mickey un lugar en la TARDIS con ellos, pero él lo rechaza.En el episodio Dalek, el Doctor se encuentra con un Dalek, a pesar de que creía a la raza extinta, ya que la "Guerra del Tiempo" entre los Señores del Tiempo y los Daleks concluyó con la aniquilación mútua de ambas razas. El Doctor entonces tortura al Dalek superviviente, y al final del episodio intenta matarlo a sangre fría. Se detiene cuando Rose le dice que no lo haga.
Adam Mitchell  se une al Doctor y Rose como compañero al final de Dalek. Sin embargo, cuando intenta llevar conocimientos del futuro del Satélite Cinco en el año 200.000 a su propio tiempo en The Long Game, el Doctor le expulsa de la TARDIS. El Doctor se enfada con Rose después de que al llevarla a ver la muerte de su padre Peter Tyler  le salva la vida, provocando una paradoja. Sin embargo, cuando Pete se mata para restaurar el tiempo, muestra compasión y la anima a quedarse al lado de su padre mientras expira. Tras conocer en 1941 al Capítan Jack Harkness (John Barrowman), un estafador y antiguo agente temporal del siglo LI, el Doctor descubre que ha causado una plaga nanotecnológica mortal que está convirtiendo a la raza humana en zombies con máscaras de gas. Para resolver la situación, Jack se prepara para autoinmolarse, pero el Doctor le rescata y le invita a bordo de la TARDIS. Cuando el Doctor encuentra al último miembro superviviente de la familia Slitheen  en el Cardiff del presente, tiene dudas sobre si debería o no mandarla a su planeta para ser ejecutada. Durante este episodio, el Doctor se da cuenta por primera vez de que Rose y él han estado encontrándose contínuamente con las palabras "Lobo malo". En el episodio Bad Wolf, el Doctor, Rose y Jack se encuentran a la merced de la Corporación Lobo Malo en el Satélite Cinco. Sin embargo, el verdadero enemigo se revela que son los Daleks. El Emperador Dalek también había sobrevivido a la Guerra del Tiempo y había reconstruido la raza Dalek. El Doctor manda a Rose de vuelta al siglo XXI para protegerla antes de intentar destruir al ejército Dalek. Cuando se da cuenta de que al hacerlo destruiría la mayor parte del planeta Tierra, no puede hacerlo, proclamando que prefería ser un cobarde antes que un asesino. Tras absorber la energía del Vórtice del Tiempo, Rose logra volver con el Doctor y destruir a los Daleks. Para salvar a Rose de ser destruida por el vórtice, el Doctor absorbe la energía nociva besándola. Sin embargo, el daño a sus células provocan su regeneración, y el Décimo Doctor (David Tennant) toma su lugar.